Los puertos en el Perú, hasta antes de la creación de ENAPU, se encontraron bajo distintas administraciones, entre ellas, las correspondientes al Ministerio de Hacienda y Comercio (Dirección de Administración Portuaria, Autoridad Portuaria del Callao y Autoridad Portuaria de Salaverry), Administración Portuaria de Chimbote (Planta Siderúrgica de Chimbote) y Administraciones de puertos particulares (Cabo Blanco, Talara, Eten, Pimentel, Puerto Chicama, Santa, Samanco, San Nicolás y Pisco).

Entre 1960 y 1968, la Administración Portuaria del Ministerio de Hacienda, logró culminar la construcción de cuatro importantes puertos de atraque directo: Paita, Salaverry, General San Martín e Ilo. Con estas nuevas instalaciones, se incrementó la capacidad portuaria a nivel nacional, superando progresivamente el sistema portuario de lanchonaje.

La primera intención de integrar el sistema portuario, se dió en 1968, con la creación de la Corporación Nacional Portuaria, la cual no entró en funcionamiento.

Durante el proceso de creación de ENAPU, se experimentó el inicio de una corriente moderna con nuevos conceptos en el servicio portuario; basados principalmente, en la participación de los usuarios, en la organización y la consideración de sus planteamientos y sugerencias.

La Empresa Nacional de Puertos S.A. inició sus funciones con el nombre ENAPU PERU, el 1° de enero de 1970, según disposición del Decreto Ley N° 17526. Fue creada como organismo público descentralizado del Sector Transportes y Comunicaciones, encargada de administrar, operar y mantener los terminales y muelles fiscales de la República, sean marítimos, fluviales o lacustres.

Los puertos integrantes de la empresa, en momentos de su creación fueron:

• En el norte: Cabo Blanco, Talara, Paita, Pacasmayo, Eten, Chicama, Salaverry, Chimbote, Besique, Casma y Huarmey.
• En el centro: Supe, Huacho, Chancay, Callao y Cerro Azul.
• En el sur: General San Martín, Matarani e Ilo.
• En el oriente: Iquitos, Yurimaguas, Pucallpa y Puerto Maldonado.

ENAPU, a través de los años de actividad portuaria, ha transferido la administración de algunos terminales a otras instituciones. Particularmente, los puertos que operan bajo el sistema de lanchonaje, los cuales, al no responder a las exigencias de la modernidad del tráfico naviero, pasaron a apoyar actividades comerciales, de algunas municipalidades e instituciones regionales.